Я хотел бы назвать Windows-программу в своем коде с параметрами определенной в самом коде. Я не надеюсь вызывать внешнюю функцию или метод, но фактический .exe или обрабатывать файл в пакетном режиме/писать сценарий...

Как Вы открываете файл из JAVA-приложения, когда Вы не знаете, с каким приложением файл связан. Кроме того, потому что я использую Java, я предпочел бы независимое от платформы решение.