Я также рекомендую pyinstaller для лучшей обратной совместимости, такой как python 2.3 - 2.7. для py2exe у вас должен быть python 2.6
Вложенные MSI являются устаревшей функцией MSI и не должны использоваться.
Вы можете выбрать 1) объединить модуль или 2) MSI-цепочку, также она же многопакетные транзакции.
Сцепления MSI хороши в теории,но для этого требуется MSI версии 4.5 или более поздней версии, которая является родной только для Windows 7. (Существуют распространяемые версии 4.5 для более старых версий Windows.)
Учитывая все обстоятельства, я думаю, что слияние модулей - это путь.