У меня была та же проблема. Это простая проблема, заключающаяся в том, что вы не указали правильный путь.
Щелкните правой кнопкой мыши по файлу .fxml
и выберите свойства (для тех, кто использует eclipse, не будет сильно отличаться для другой IDE), а затем скопируйте скопируйте местоположение, начиная с /packagename
до конца, и это должно решить проблему