Если вы хотите, чтобы версия формулы была эквивалентной, попробуйте это:
M = data.frame( Name = rep('name',5), Col1 = c(NA,rep(1,4)) , Col2 = rep(1,5)) aggregate(. ~ Name, M, function(x) sum(x, na.rm=TRUE), na.action = na.pass)