Похоже, вы не хотите специально импортировать файл конфигурации (в котором есть много побочных эффектов и дополнительных осложнений), вы просто хотите запустить его и иметь доступ к результирующему пространству имен. Стандартная библиотека предоставляет API специально для этого в виде runpy.run_path :
from runpy import run_path
settings = run_path("/path/to/file.py")
Этот интерфейс доступен в Python 2.7 и Python 3.2 +