Первичный ключ всегда автоматически индексируется и уникален. Поэтому будьте осторожны, чтобы не создавать избыточные индексы.
Например, если вы создали таблицу как таковую
CREATE TABLE mytable (foo INT NOT NULL PRIMARY KEY, bar INT NOT NULL, baz INT NOT NULL,
UNIQUE(foo), INDEX(foo)) ENGINE=InnoDB;
, потому что вы хотите индексировать первичный ключ и принудительно установить ограничение уникальности на это, на самом деле, вы создадите три индекса на foo
!