Несмотря на то, что в 2009 году было задано вопрос, я бы опубликовал фактическую ссылку на документацию MySQL на первичные ключи. http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/ru/optimizing-primary-keys.html
Первичный ключ для таблицы представляет собой столбец или набор столбцов, которые вы используете в своих наиболее важных запросах. Он имеет связанный индекс для быстрой производительности запросов
blockquote>. Справочник по MySQL 5.0 см.: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysql- indexes.html
Большинство индексов MySQL (PRIMARY KEY, UNIQUE, INDEX и FULLTEXT) хранятся в B-деревьях. Исключение состоит в том, что индексы на пространственных типах данных используют R-деревья и что таблицы MEMORY также поддерживают хеш-индексы.
blockquote>