Вы можете использовать функцию df.as_matrix () и создать массив Numpy и передать его.
Y = df.pop() X = df.as_matrix() x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split(X, Y, test_size = 0.2) model.fit(x_train, y_train) model.test(x_test)