Я думаю, что вы ищете что-то вроде
comb <- ts.union(ts1, ts2)
pmin(comb[,1], comb[,2], na.rm = TRUE)
# Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec
#2014 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
#2015 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24