Я думаю, что с помощью ActiveRecord sintax это может быть что-то вроде этого
$this->db->select('Company.c_id, Company.c_name, Phone.phone_no')
->from('Company')
->join('Phone','Phone.p_flex_id=Company.c_id AND Phone.ct_id=3','left outer' )
->where(1);
Надеюсь, он отлично работает для вас.