удаление jsapi и использование вместо этого jquery lib

Если вы используете переменные в одинарных кавычках, они будут представлены как строки вместо переменных.

Вы также можете сделать это следующим образом:

// Get from $_SESSION (if started)
$host = $_SESSION['host'];
$user = $_SESSION['user'];
$pass = $_SESSION['pass'];

$handle = fopen('../config.php', 'w');

// try with the {}
$content = '<?php $connection = mysql_connect('."{$host},"."{$user},"."{$pass});".'?>';

// or you can try this too, but comment out the other one:
$content = '<?php $connection = mysql_connect('."\"$host\","."\"$user\","."\"$pass\");".'?>';

fwrite($handle, $content);
fclose($handle);