Для передачи идентификаторов используйте psycopg2.extensions.AsIs
from psycopg2.extensions import AsIs
def update(table_name, var_1, var_2):
cur.execute("""
UPDATE %s
SET %s = 'Y'
WHERE %s = 'John';
""",
(AsIs(table_name), AsIs(var_1), AsIs(var_2))
)