В верхней части моей головы это будет делать без какой-либо проверки ошибок или настройки чего-либо. Это «осталось читателю».
outFile = open( 'newFile', 'w' )
for line in open( 'oldFile' ):
items = line.split( ',' )
outFile.write( ','.join( items[:2] + items[ 3: ] ) )
outFile.close()