Как вы переоцениваете изменения текущей ветки поверх сливаемых изменений?

Нет данных образца, поэтому решение неполное.

@ECHO OFF
SETLOCAL enabledelayedexpansion
(
 FOR /f "delims=" %%a IN (q27830845.txt) DO (
  SET "line=%%a"
  SET "line=!line:,,,= , , ,!"
  SET "line=!line:,,= , ,!"
  FOR /f "tokens=1-4delims=," %%b IN ("!LINE!") DO (
   ECHO(%%a--^>^>%%b++%%c++%%d++%%e++
  )
 )
)>newfile.txt

GOTO: EOF

Я использовал файл с именем q27830845.txt, содержащий эти данные для моего тестирования.

col1,col 2,col 3,col4
one,two,three,four
ONE,,THREE,FOUR - no two
ONE,,,FOUR - 3 and 2 missing
,,,Only FOUR

Производит newfile.txt с контентом

col1,col 2,col 3,col4-->>col1++col 2++col 3++col4++
one,two,three,four-->>one++two++three++four++
ONE,,THREE,FOUR - no two-->>ONE ++ ++THREE++FOUR - no two++
ONE,,,FOUR - 3 and 2 missing-->>ONE ++ ++ ++FOUR - 3 and 2 missing++
,,,Only FOUR-->> ++ ++ ++Only FOUR++

Обратите внимание, что %%a и т. д. могут быть добавлены пробелы. Несомненно, будет проявляться чувствительность к символам, имеющим смысл для cmd, таких как ! и %. ++ используется просто как очевидный визуальный разделитель между полями.