Да, вы можете .. но это все равно не сильно меняется (например, если вы меняете свои настройки или запускаете / перезапускаете что-то - все файлы будут автоматически сохранены). В конце концов (после нескольких недель или месяца адаптации) вы привыкнете к этому поведению и, скорее всего, полюбите его (да, это означает изменение привычек работы немного, что довольно сложно сделать (требуется время) для некоторых людей / в некоторых случаев).
В любом случае ... для включения функции «сохранить отдельные файлы»:
Settings | Keymap
save
" [/g2]
PS Это действие НЕ будет запрашивать подтверждение (такое же поведение, как и стандартное сохранение).
P.P.S. Это действие доступно только с PhpStorm v7.