gzip: stdin: не в формате gzip tar: дочерний элемент возвратил состояние 1 tar: ошибка не может быть исправлена: выход сейчас

Обернуть timer.setText() в Platform.runLater(). Вне этого внутри цикла while добавьте Thread.sleep(1000);

. Причина исключения Illegal State Exception - вы пытаетесь обновить интерфейс в каком-то потоке, кроме потока приложений JavaFX.

Причина почему ваше приложение рушилось, когда вы добавили, что вы перегружали поток пользовательского интерфейса, добавляя процесс, который будет выполняться в потоке пользовательского интерфейса бесконечно.

Если возможно, замените while (true) на Timer или TimerTask.

Для получения дополнительных опций следуйте за этой ссылкой