Поддержание синхронизации моей базы данных и файловой системы

Как-то GenerateConsoleCtrlEvent() возвращает ошибку, если вы вызываете ее для другого процесса, но можете подключиться к другому консольному приложению и отправить событие ко всем дочерним процессам.

void SendControlC(int pid)
{
    AttachConsole(pid); // attach to process console
    SetConsoleCtrlHandler(NULL, TRUE); // disable Control+C handling for our app
    GenerateConsoleCtrlEvent(CTRL_C_EVENT, 0); // generate Control+C event
}