Сборщик мусора не сразу собирает готовую нить [дубликат]

Немного помогая вашим друзьям np.unique и np.add.at :

>>> unq, unq_inv = np.unique(A[:, 0], return_inverse=True)
>>> out = np.zeros((len(unq), A.shape[1]), dtype=A.dtype)
>>> out[:, 0] = unq
>>> np.add.at(out[:, 1:], unq_inv, A[:, 1:])

>>> out  # A was the OP's array
array([[1, 6, 9],
       [2, 9, 7],
       [3, 4, 8]])