Java VisualVM дает странные результаты для профилирования процессора - кто-нибудь еще сталкивался с этим?

Это потому, что каждая проверка хранит каждую версию каждого файла.

Теперь есть способы, позволяющие смягчить эту проблему, например бинарные различия и разреженные клоны, но, конечно, каждый клиент будет иметь как минимум две копии ( один в дереве работ, один в репозитории) каждого файла. Независимо от того, является ли это проблемой для , вы зависят от ваших обстоятельств.