Это сработало для меня. Вот полный пример:
con = dbConnect(drv = MySQL(), user = user, password = password,
dbname = dbname, host=host)
dbSendQuery(con, "SET NAMES utf8mb4;")
dbSendQuery(con, "SET CHARACTER SET utf8mb4;")
dbSendQuery(con, "SET character_set_connection=utf8mb4;")
dbGetQuery(con, "SELECT * FROM WHATEVER")