Ручное аннотирование ggplot с разными метками, в разных гранях

Идея состоит в том, что для каждой ручной аннотации вы должны определять не только метку, но и все переменные, которые определяют панель, цвет и т. д. Следующий код добавляет две этикетки на разных панелях.

pl <- ggplot(funny, aes(Mndr, y=Data, group=Type, col=Type))+geom_line()
      +facet_grid(.~Institution)   #your plot
nd <- data.frame(Institution=c("Q-branch","Some-Ville"),  #panel
                 Type=c("Unknown", "Tastes good"),        #color
                 Mndr=c(7,12),                            #x-coordinate of label
                 Data= c(170,50),                         #y-coordinate of label
                 Text=c("Label 1", "Label 2"))            #label text
# add labels to plot:
pl <- pl + geom_text(aes(label=Text), data=nd, hjust=0, legend=FALSE)
pl

Параметр legend = FALSE гарантирует, что маленькие буквы a, обозначающие текст, не будут добавлены к легенде. Вам не обязательно иметь фрейм данных для меток, у вас может быть отдельный geom_text для каждого, но я считаю этот способ более простым.