Существует ли какой-либо инструмент командной строки, который может генерировать классы сущностей Java из db (НЕ Netbeans или Eclipse wizard)

Не странно, люди делают это все время. Убедитесь, что имя коллекции правильно (имеет значение) и что ObjectId является точным.

Документация здесь

> db.test.insert({x: 1})

> db.test.find()                                               // no criteria
{ "_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"), "x" : 1 }      

> db.test.find({"_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c")}) // explicit
{ "_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"), "x" : 1 }

> db.test.find(ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"))           // shortcut
{ "_id" : ObjectId("4ecc05e55dd98a436ddcc47c"), "x" : 1 }