Java Swing - как прокрутить вниз JTextArea?

Вы можете использовать grep как:

grep -f file2 file1   # file2 is the file with the names.

Опция -f в grep получает шаблон, который будет искать из файла.

Чтобы удалить точные повторяющиеся строки с выхода вы можете использовать sort как:

grep -f file2 file1 | sort -u