java.net. URLEncoder.encode (Строка) удерживается от использования, что я должен использовать вместо этого?

Если у вас есть много элементов, лучше всего их инициализировать с помощью Java, а не с помощью FXML. Например, вместо:

и контроллера

public class Controller {

    @FXML
    private FlowPane container ;
    @FXML
    private Label label1 ;
    @FXML
    private Label label2 ;
    // ...

    @FXML
    private Label label1000 ;

    // ...
}

я бы сделал

и

public class Controller {

    @FXML
    private FlowPane container ;

    private List labels ;

    public void initialize() {
        labels = new ArrayList<>();
        for (int i = 1; i <= 1000; i++) {
            Label label = new Label("Label "+i);
            labels.add(label);
            container.getChildren().add(label);
        }
    }
}

В качестве варианта этой идеи рассмотрим определение настраиваемого компонента:

public class LabelFlow extends FlowPane {

    private List labels ;

    public LabelFlow(@NamedArg("numLabels") int numLabels) {
        labels = new ArrayList<>();
        for(int i = 1 ; i <= numLabels ; i++) {
            Label label = new Label("Label "+i);
            labels.add(label);
        }
        getChildren().addAll(labels);
    }

    public List getLabels() {
        return Collections.unmodifiableList(labels);
    }
}

Теперь в вашем FXML вы выполняете

и в своем контроллере

public class Controller {
    @FXML
    private LabelFlow labelFlow ;

    public void initialize() {
        for (Label label : labelFlow.getLabels()) {
            // do whatever you need with label....
        }
    }
}

Вам нужно перепрыгнуть через пару обручей, если вы хотите использовать собственный класс, подобный этому в Scene Builder. См. Добавление настраиваемого компонента в SceneBuilder 2.0

Если вы действительно хотите определить все эти элементы управления в FXML, что будет кошмаром обслуживания imo, вы может использовать отражение для доступа к переменным. Я не рекомендую это, а не только потому, что его трудно поддерживать, но также потому, что отражение по своей природе подвержено ошибкам (без проверки времени компиляции) и сложным.

Но вы могли бы сделать

public class Controller {

    @FXML
    private FlowPane container ;
    @FXML
    private Label label1 ;
    @FXML
    private Label label2 ;
    // ...

    @FXML
    private Label label1000 ;

    private List labels ;

    public void initialize() throws Exception {
        labels = new ArrayList<>();
        for (int i = 1; i <= 1000; i++) {
            Field field = getClass().getDeclaredField("label"+i);
            boolean wasAccessible = field.isAccessible();
            field.setAccessible(true);
            Label label = (Label) field.get(this);
            field.setAccessible(wasAccessible);
            labels.add(label);
        }
    }
}