Изменить каталог библиотеки R по умолчанию на linux [duplicate]

Для полноты и как я не могу показать это в комментарии:

1) По умолчанию для всех систем Debian и Ubuntu с отправленным R-пакетом:

edd@max:~$ R -q -e 'print(.libPaths())'
R> print(.libPaths())
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" 
[3]            "/usr/lib/R/library"           
R> 
R> 

2) Что мы можем изменить, изменив R_LIBS_SITE:

edd@max:~$ R_LIBS_SITE="/usr/lib/R/Library" R -q -e 'print(.libPaths())'
R> print(.libPaths())
[1] "/usr/lib/R/library"
R> 
R> 

3) Но, изменяя R_LIBS, работает не :

edd@max:~$ R_LIBS="/usr/lib/R/Library" R -q -e 'print(.libPaths())'
R> print(.libPaths())
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" 
[3]            "/usr/lib/R/library"           
R> 
R> 
edd@max:~$ 

См. help(Startup) для полного и подробного лечения. В Debian и Ubuntu мы установили эти три каталога как дефолт для более десяти лет. Поскольку здесь он устанавливается через R_LIBS_SITE, это переменная, которую вам нужно изменить здесь. В общем случае вам нужно переопределить переменную, удерживающую значение, и вы можете не знать ex ante , который есть.

Что касается исходного ответа, то в Debian и Ubuntu мы используем файл /etc/R/Renviron. В качестве help(Startup) деталей вы можете установить любое количество способов для этого постоянно для вашего запуска - и все эти точки сохраняются для всех разных ОС:

1. Alter системные файлы, такие как Renviron или Renviron.site , если у вас есть соответствующие разрешения
2. Else изменить файл для каждого пользователя ~/.Renviron
3. Альтернативно , измените переменные среды R_LIBS или R_LIBS_USER или R_LIBS_SITE на системном уровне , если у вас есть соответствующие разрешения
4. . Иначе измените переменные R_LIBS или R_LIBS_USER или R_LIBS_SITE на уровне пользователя.
5. Наконец, вызовите .libPaths(...new path to be added here...) в ваших файлах запуска R, например, в .Rprofile.

См. help(Startup) для более подробного обсуждения.

2 основных решения:

1. В .Rprofile вы можете оставить код, который устанавливает .libPaths()
2. . Просто установите соответствующую переменную среды, такую ​​как R_LIBS в Windows или R_LIBS_SITE= в Linux и т. д., что угодно, например

    R_LIBS=C:/R/Library