Существует ли способ сказать Eclipse “Сохранять все” перед зданием?

Ну, это может быть проблема DNS. Вы можете отключить поиск имен DNS-узлов, запустив mysqld с опцией --skip-name-resolve в файле конфигурации.

Подробнее читайте здесь: http://dev.mysql.com/doc /refman/5.0/en/host-cache.html