Помимо добавления соединителя JDBC MySQL убедитесь, что context.xml (если он не распакован в папке webapps Tomcat) с вашими определениями соединений с БД включены в каталог Tomcats conf.
Путем осмотра iframe страницы Вы могли бы найти, там цвет на некоторых частях страницы. Мое предложение состояло бы в том, чтобы начать с самого высокого компонента при добавлении прозрачности:
html {
background-color: transparent !important;
}
И затем в iframe элементе:
<iframe src="www.." allowtransparency="true">
Это не проверено, но iframe (любой элемент) должен иметь прозрачный фон по умолчанию.
Если это не так, вы можете установить их прозрачными в CSS background: transparent
Если это не работает, вы можете использовать фильтры непрозрачности CSS:
http://www.w3schools.com/Css/css_image_transparency.asp