Я использую онлайн-редактор формул Роджера .
Включены PNG, цвета, прозрачный фон и сглаживание.
Я использую TeXer для создания изображений от ЛАТЕКСА. Это создает gifs с прозрачным фоном.
http://smarth.sourceforge.net/
и реализованный также в http://www.physicsforums.com/showthread.php?t=8997