Вы могли использовать Apache POIFS, который, кажется, является немного более сформировавшимся, но это, казалось бы, копировало бы усилия ПОИ-HSMF.
Вы могли использовать ПОИ-HSMF и внести изменения для получения функций, Вам нужна работа. Это часто, как проекты FOSS как этот расширяются.
Вы могли использовать com4j, j-Interop, или некоторый другой COM-уровень interop функция и взаимодействовать непосредственно с COM-интерфейсами, которые обеспечивают доступ к структурированному документу. Это было бы намного легче, чем попытка поразить его непосредственно через JNI.
Вы попытались использовать Jython с расширениями Python win32 (http://www.jython.org/Project/ + http://python.net/crew/mhammond/win32/)? Если это для "персонального" или "внутреннего" Jython проекта с Python, может быть очень хороший выбор. При создании "упакованного" пакета программного обеспечения, это не может быть наилучшим вариантом.