Я предпочитаю использовать селектор, и я применяю его в документе.
Это привязывается к документу и будет применяться к элементам, которые будут отображаться после загрузки страницы.
Например:
$(document).on("click", $(selector), function() {
// Your code here
});
Если вы не хотите закрывать окно, вы должны использовать событие запроса на закрытие:
if(prop.getProperty("name") != null || f.exists()) {
primaryStage.show();
} else {
e.consume();
}