По-видимому, Вы можете непосредственно вызывать средство форматирования кода Eclipse's из командной строки .
Никогда не пытался вытянуть что-то как этот прочь, но я не забываю видеть однажды названный класс:
org.eclipse.jdt.core.formatter. CodeFormatterApplication
, Возможно, который является некоторой автономной точкой входа в механизм форматирования, хотя я никогда не пробовал или занимался расследованиями далее.