Выбор между несколькими исполняемыми файлами с тем же именем в Linux

Исполняемые файлы найдены в порядке ПУТИ. Ваш ПУТЬ, по-видимому, создан таким образом, что /usr/bin предшествует ~/usr/bin/.

Помимо изменения ПУТИ, как был объяснен, можно также использовать псевдонимы как это (в Bash)

alias gn=$HOME/usr/bin/gnuplot

затем, Вы просто выполняете его с

gn

То, что говорит Мороженое, в порядке. Я добавил бы, что необходимо объявить пользователя определенные записи ПУТИ в bashrc пользователя ($HOME/.bashrc), таким образом, настройки PATH только относятся пользователю.