Как дать крону команду выполнять задание каждая вторая неделя?

Как насчет этого это действительно сохраняет его в crontab, даже если это точно не определяется в первых пяти полях:

0 6 * * Tue expr `date +\%W` \% 2 > /dev/null || /scripts/fortnightly.sh