Если я понимаю Вас правильно, необходимо использовать setSelectedFile
метод.
JFileChooser jFileChooser = new JFileChooser();
jFileChooser.setSelectedFile(new File("fileToSave.txt"));
jFileChooser.showSaveDialog(parent);
файл не должен существовать.
РЕДАКТИРОВАНИЕ: , Если Вы передаете Файл с полным путем, JFileChooser
, попытается расположить себя в тот каталог (если он будет существовать).