Как загрузить программу, читая stdin и беря параметры в gdb?

Для пользы полноты после запуска сеанса отладки существует также - args опция. т.е.)

gdb gdbarg1 gdbarg2 --args yourprog arg1 arg2 -x arg3

И если Вы не должны отлаживать с самого начала, можно также присоединить к уже рабочему процессу при помощи:

$ gdb myprogram xxx

, где xxx является идентификатором процесса. Затем Вы не должны говорить gdb стартовые аргументы.