Base64 - это просто кодировка. Он не удаляет и не добавляет информацию. Это также обратимо. Исходя из этого, уникальность u64 в кодировке base64 точно такая же, как и в кодировке uuid.
Взгляните на эту статью Marlon
http://marlongrech.wordpress.com/2008/06/13/wpf-reducing-cpu-consumption-for-animations/