Должен возврат каретки \r и новая строка \n всегда использоваться вместе? \r\n

Это можно сделать с помощью Map, чтобы получить последовательность индексов из столбцов «x», поднастроить столбец «value» для «y», основываясь на этом, получить mean и создать значение «mean.value». 'column in' x '

x['mean.value'] <- sapply(do.call(Map, c(f = `:`, x)), function(x) mean(y$value[x]))
#
#     start end mean.value
#1     1   2  0.3188163
#2     3   4  0.7405306

Его также можно упростить как

x['mean.value'] <- mapply(function(i, j)  mean(y$value[i:j]),  x$start, x$end)

Аналогичным вариантом с tidyverse будет использование map2 (из purrr)

library(tidyverse)
x %>%
    mutate(mean.value = map2_dbl(start, end, ~  mean(y$value[.x:.y])))