NA не сопоставима с фактическими значениями. Ответ на вопрос «равно ли это« T »» для NA - это idk, поэтому весь ряд становится NA. Чтобы избежать этого, нужно либо исключить NA, как предложил @akrun, либо явно искать NA, если вы хотите сохранить эти строки:
data[data$v1 != "T" | is.na(data$v1),]
Я никогда не находил удовлетворительный ответ для этого - в основном, просто необходимо добавить свойство VaryByParams и если у Вас нет параметров, устанавливает его на волшебную строку "ни один".
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.web.ui.outputcacheparameters.varybyparam.aspx