Netbeans и внешние конфигурационные файлы

Можно добавить это к build.xml:

<target name="-post-jar">
   <copy todir="${dist.jar.dir}">
       <fileset dir="resources" includes="**"/>
   </copy>        
</target>

Можно теперь поместить файл configuration.xml в папку 'ресурсы' (что необходимо создать) в проекте, и все файлы в нем будут скопированы в dist папку во время процесса сборки.