Не точно точный ответ, но я просто указал бы на следующие источники для Вашего вопроса:
Май между теми тремя ссылками, Вы найдете фактическую документацию для структуры рабочей области (если Вы делаете, отправьте ответ здесь ;))
Это не будет полезным ответом.
Если бы Вы возможно можете, я попытаться подключить Eclipse коаксиальным кабелем для генерации рабочей области для Вас. Иначе Вы будете пахать в большом количестве недокументированных внутренних API и пытаться повторно реализовать filessytem, который является в действительности другим внутренние API.
Eclipse проясняет, что Вы самостоятельно при использовании внутренних API и стараетесь сказать, что они могут повредиться в любое время (например, выпуск очень мелкой детали).
Править: можно также найти справку, смотрящую на предложения для этого вопроса. И buckminster, который можно найти полезным по другим причинам также.