Вы запускаете внешний exe, так что он работает как задумано. Однако вы можете попробовать использовать cmd.exe / K - больше информации здесь https://ss64.com/nt/cmd.html
Container.add
Документы API sayeth:
Примечание: Если компонент был добавлен к контейнеру, который был отображен, проверьте, должен быть обращен что контейнер для отображения нового компонента. Если несколько компонентов добавляются, можно повысить эффективность вызовом, проверяют только однажды, после того, как все компоненты были добавлены.
Это неясно и не очень умно, но это - правила. Может быть лучше звонить JComponent.revalidate