Если вы хотите получить все ключи в определенном сегменте за одну команду, вы можете использовать это.
aws s3api list-objects --bucket <bucket-name> --no-paginate
Когда у вас есть этот список, вы можете обработать его с помощью специального кода.
Взгляд в апачских журналах является самым легким способом отладить .htaccess, по моему скромному мнению (добавляющий rewriteLog Директива при необходимости)
О миграции: если Вы не используете физических путей к файлам внутри .htaccess (т.е./var/www/site/script.php), они должны работать без проблем. Если дело обстоит не так, сначала попытайтесь удалить все опции и оставить только директивы перенаправления, в этом режиме Вы видите, является ли это проблема с конфигурацией сервера, которая отрицает переписывать настроек по умолчанию.