Блокнот ++ показывают все скрытые символы?

// user enters a value R P or S - NEED TO RETURN A COUPLE OF TIMES AFTER, not sure why?

потому что

$input=
$R = stream_get_line(STDIN, 1, "\n");
$P = stream_get_line(STDIN, 1, "\n");
$S = stream_get_line(STDIN, 1, "\n");

Вы вызываете stream_get_line() три раза, поэтому вашему сценарию требуется три строки ввода.

Кроме того, я не уверен, что это было задумано, но вы получаете пользовательский ввод, казалось бы, чисто случайно, поскольку $input = $R = stream_get_line() сохраняет первый пользовательский ввод в $R и $input .
Я бы предложил сделать только $input = stream_get_line() и ничего другого.

Затем в вашем блоке переключателя / кейса вы делаете, например, echo $R = "..."; и дальше вы делаете if ($R && ...).
Оценивать строки как логические значения не рекомендуется.
Я бы порекомендовал что-то вроде

$R = $P = $S = false; // initialize all variables to false
switch ($input)
{
    case "R":
        $R = true; // set selected variable to true
        echo "You have selected Rock\n";
        break;
    // ...
}

Наконец, вы, кажется, используете метки перехода для комментирования своего кода.

Rock:
if ( ...

Хотя это не вызывает никаких проблем (пока), обычно считается плохим стилем злоупотреблять языковыми функциями для цели документирования.
Они должны стать комментариями:

// Rock
if ( ...