Как Вы инвертируете отношения между репозиторием мерзавца и его клоном?

Поскольку кажется, что здесь конечной целью является получение всех различных значений, вы могли бы выполнить обе части этого за один шаг. Просто получите нужные значения, исключая дубликаты. Нечто подобное может быть тем, что вы ищете.

declare @Something table
(
    My_ID_String varchar(50)
)
insert @Something values
('ABC123')
, ('123')
, ('ABC456')
, ('798')

select case when count(replace(s.My_ID_String, 'ABC', '')) = 1 then max(s.My_ID_String) else max(replace(s.My_ID_String, 'ABC', '')) end
from @Something s
group by replace(s.My_ID_String, 'ABC', '')