Свойства Defining Wix и значения на основе VS активная конфигурация

Мы передаем свойства в WiX от wixproj использования файлов

<DefineConstants>configuration=$(Configuration)</DefineConstants>

В разделе PropertyGroups. Затем можно использовать их внутри wix как $ (var.configuration)

<?if $(var.configuration) = Debug ?>
  <?define x=1 ?>
<?endif ?>

Справочный файл WiX имеет целый раздел по материалу препроцессора, посмотрите на это для других вещей, которые можно сделать.