Какие платформы обработки платежей, как ActiveMerchant, доступны для других языков?

Как уже заметил @ptomato, AC_CONFIG_HEADERS предназначен для запроса, чтобы скрипт configure создал для вас файл заголовка при запуске, в котором он определяет макросы, передающие различную информацию, которую он почерпнул, например, результаты различные тесты. Аргумент макроса указывает имя, которое должен иметь этот сгенерированный файл. Это альтернатива всей этой информации, передаваемой командам компиляции в командной строке. Это не имеет никакого отношения к именованию файла заголовка, предоставленного среди источников, и это, безусловно, приведет к замене любого такого заголовка. Также бесполезно, если ваши источники не #include обозначают заголовок.

Неясно, нужен ли вам такой заголовок конфигурации, но если shell.h является предоставленным вами заголовком, и вы не хотите, чтобы configure перезаписывал его, не указывайте его имя для AC_CONFIG_HEADERS. Вероятно, вы можете вообще обойтись без AC_CONFIG_HEADERS, хотя мне лично это нравится, потому что его использование облегчает чтение конечного результата make. Если вы продолжаете использовать его, вам нужно выбрать другое имя (например, обычное config.h), и вам нужно иметь все ваши источники C #include с заголовком, прежде чем они сделают что-либо еще.

Чтобы сообщить Automake заголовок, предоставленный среди источников, которые в конечном итоге не установлены, просто перечислите его среди _SOURCES хотя бы одной цели. Automake знает, что не нужно пытаться компилировать заголовки, но перечисление их среди ваших источников гарантирует, что они будут упакованы в дистрибутивные архивы, созданные с помощью make dist. Существуют альтернативы, такие как перечисление таких заголовков в EXTRA_DIST, но они менее традиционны.