NetBeans играет по правилам с проектами Eclipse и наоборот?

Вы можете попробовать использовать df.pivot, а затем .ffill (), bfill () для определенных строк группы столбцов 'SUB'.

df1 = df.pivot(columns='0')
df1.columns = df1.columns.map(lambda x: x[1])
df1.SUB = df1.SUB.ffill()
df1.groupby('SUB').ffill().groupby('SUB').bfill().drop_duplicates()
#5.89 ms ± 1.84 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)

# as time constraints, without use of lambda operation
#df1.groupby(df1.SUB.ffill()).apply(lambda x: x.ffill().bfill()).drop_duplicates()
#16 ms ± 1.06 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)

Out:

    SUB CAT CODE    CODE1   SUB
2   123 SKU 1000123 NaN     123
3   123 SKU 1000234 NaN      123
6   456 LIQ NaN     1000345 456
7   456 LIQ NaN     1000534 456
8   456 LIQ NaN     1000433 456