Какая структура данных наиболее подходит для реализации 2-D массива в Java?

(Редактирования на основе комментария)

Если размер определяется во времени выполнения, которое не является проблемой. Это могло бы работать:

final int[][]              data;
final int                  size;
final Map<String, Integer> names;

// code that sets the size variable
names = new HashMap<String, Integer>();
data  = new int[size][size];

names.put("ID-A", 0);
names.put("ID-B", 1);

data[names.get("ID-A")][names.get("ID-A")] = 39;
data[names.get("ID-A")][names.get("ID-B")] = 40;
data[names.get("ID-B")][names.get("ID-A")] = 41;
data[names.get("ID-B")][names.get("ID-B")] = 42;

Массивы могут быть измерены во времени выполнения. Если у Вас есть строка/размер столбца, которая не варьируется слишком часто, и данные не слишком редки, то массив является Вашим лучшим выбором.

class TwoDimArray {
    public int[][] createArray(int nRows, int nCols) {
        return new int[nRows][nCols];
    }
    public int[][] resizeArray(int[][] oldArray, int nRows, int nCols) {
        int[][] newArray = new int[nRows][nCols];
        for (int i=0; i<Math.min(oldArray.length, nRows); ++i)
            for (int j=0; j<Math.min(oldArray[i].length, nCols); ++j)
                newArray[i][j] = oldArray[i][j];
        return newArray;
    }
}

Это кажется, что Вы хотите использовать ключ строки, ключ седла и затем значение в том местоположении. Нет никакой встроенной структуры данных, это сделает это для Вас.

Самой легкой вещью использовать может быть 2-й массив для фактических данных. Используйте что-то как следующее для движения от строки или имени столбца к фактическому индексу в массиве. Добавьте столько привязки имени к индексу, сколько Вы хотите.

Map<String, Integer> rows = new HashMap<String, Integer>();
Map<String, Integer> cols = new HashMap<String, Integer>();

Затем получая то значение в сетке...

grid[rows.get("Row name")][cols.get("Column name")];

Поместите сетку и a get(String rowName, String colName) метод в классе, если Вы хотите более чистый API.

Править: Я вижу, что вопрос был обновлен, и похоже, что пары имени к индексу являются тем же и для строк и для столбцов. Таким образом, вот обновленная версия:

class SquareMap<V> {
    private V[][] grid;
    private Map<String, Integer> indexes;

    public SquareMap(int size) {
        grid = (V[][]) new Object[size][size];
        indexes = new HashMap<String, Integer>();
    }

    public void setIndex(String name, int index) {
        indexes.put(name, index);
    }

    public void set(String row, String col, V value) {
        grid[indexes.get(row)][indexes.get(col)] = value;
    }
    public V get(String row, String col) {
        return grid[indexes.get(row)][indexes.get(col)];
    }
}

Вы можете просто использовать карту типа

class TwoDArray<V> implements Iterable<Map.Entry<Point, V>> {
    private final Map<Point, V> map = new LinkedHashMap<Point, V>();
    public V set(int x, int y, V value) {
       return map.put(new Point(x,y), value);
    }
    public V get(int x, int y) {
       return map.get(new Point(x, y));
    }
    public Iterator<Map.Entry<Point, V>> iterator() {
       return map.entrySet().iterator();
    }
}

// to iterate
TwoDArray<Double> twoDArray = new TwoDArray();
twoDArray.set(3, 5, 56.0);
twoDArray.set(-1000, 5, 123.4);
twoDArray.set(789012345, -100000000, -156.9);
for(Map.Entry<Point, Double> entry: twoDArray) {
  //
}