Почему мой проект Eclipse имеет фантомные точки останова отладчика?

Вы пытались отменить выбор

Window > Preferences > Java > Debug : Suspend execution on uncaught exceptions

? (как упомянуто в этом потоке, например)

Почему Eclipse прокладывает себе путь?

Это возвращается к 2002, когда иерархия объектов точки останова была разделена вниз.

Для установки точки останова, со старым API, клиент потребовал Объектов модели Java - такой как IType, IField, и т.д.
С новым API все, что требуется моделью отладки, является именами типов, именами полей, и т.д.

Это позволяет клиентам устанавливать точки останова, когда Объекты модели Java не доступны.
Клиенты теперь указывают ресурс для соединения точки останова с (прежде чем мы ограничили его к связанным ресурсам Модели Java).

Точки останова могут теперь также быть "скрыты". Таким образом, они не должны быть зарегистрированы в менеджере по точке останова.
Точки останова могут также быть выборочно сохранены (маркеры только позволили всему/ни одному типу маркера быть сохраненным).
Это делает модель отладки более гибкой, и дает клиентам больше стандартных блоков.

Это также упростило некоторую часть нашей реализации отладки Java - например, функция"suspend on any uncaught exception", просто устанавливает точку останова для названного типа"java.lang.Throwable", а не определенное IType в определенном проекте.
Точка останова не регистрируется в менеджере по точке останова (т.е. скрыта) - она только известна и используется одним клиентом.
Другой пример"run to line breakpoint". IJavaRunToLineBreakpoint был удален, поскольку его специальная функциональность больше не требуется. Теперь, отладка Java ui просто создает "точку прерывания строки", которая скрыта, не сохраняется и имеет количество хита 1. Это - пример обеспечения стандартных блоков клиентам.