Используйте ниже:
m = pd.DataFrame(s.values.tolist(), index= s.index)
print(m)
0 1 2
0 1 12.0 23.0
1 2 23.0 54.0
2 3 23.0 NaN
3 4 NaN NaN
Я думаю, вам лучше использовать Elastic Block Store для хранения ваших файлов вместо S3. EBS сродни «диску» на S3, который можно монтировать в ваш экземпляр EC2 без необходимости каждый раз копировать данные, что позволяет вам сохранять ваши данные между экземплярами EC2 без необходимости каждый раз записывать или читать из S3.